Oddajanje poslovnega prostora v oproščen podnajem in vpliv na odbitek DDV od investicij

Podjetje A d.o.o. je sklenilo najemno pogodbo o najemu poslovnih prostorov z lastnikom poslovnih prostorov fizično osebo. V najemni pogodbi je določeno, da najemnik lahko oddaja poslovne prostore v podnajem. Podjetje A d.o.o. zgradbo uporablja kot lastne proizvodne prostore, lastne pisarniške prostore in delno daje v najem podjetju B d.o.o., ki je zavezanec za davek na dodano vrednost in ima prav tako pravico do celotnega odbitka vstopnega davka. Pred začetkom najemnega razmerja sta podjetje A d.o.o. in podjetje B d.o.o. sklenila pisni dogovor da bo najemodajalec na najemnino obračunal davek na dodano vrednost (oba sta zavezanca za DDV in ima najemnik pravico do odbitka vsega vstopnega DDV, torej se upošteva možnost 45. člena ZDDV-1).

Podjetje A d.o.o. si želi oddati še en poslovni prostor v najem. Potencialni najemnik bi želel najeti pisarno za potrebe skladiščenja. Potencialni najemnik je fizična oseba.

Zanima me, kako je v tem primeru ko podjetje A d.o.o. del poslovnih prostorov uporablja za svojo obdavčljivo dejavnost, del poslovnih prostorov oddaja v podnajem podjetju B d.o.o. z obračunanim DDV-jem in del fizični osebi, kateri se najemnina ne more zaračunati z DDV. S slednjo (fizično osebo) se podjetje še ni dogovorilo, kajti potrebujejo odgovor kako je v tem primeru.

Podjetje je že investiralo v poslovne prostore (ne veliko, je pa) in si od prejetih računov odbilo DDV, kajti najemnino je obračunaval pravnim osebam z DDV-jem (45. člen). Prav tako si od stroškov elektrike, vode ipd odbija DDV.

Prosim za pojasnila kako je z DDV v tem primeru, v kolikor bi podjetje, poleg že dosedanjem oddajanjem pravnim osebam z obračunom najemnine z DDV, oddajalo še del nepremičnine fizični osebi, kateri DDV-ja ne more obračunati?